全国月読宮の元宮とも言われる。
由緒によれば、第二十三代顕宗天皇の時、阿閉臣事代という官吏が天皇の命を受けて朝鮮半島任那に使いに出た際、人に月の神が神がかり、「土地を月の神に奉献せよ。」との神託あり。
月読命の子孫である壱岐県主押見宿禰は壱岐月読神社を分霊して京都に祀った。
これが当神社に関する初出である。この神社は松尾大社の摂社としても今も残る。
押見宿禰が神道を中央に根付かせたともあり、壱岐月読宮は全国の月読宮の元宮であるとも。
卜部氏は伊豆壱岐対馬にあり、古代祭祀氏族で卜占を行った。壱岐卜部氏は壱岐県主押見宿禰が子孫だという説もあるが、月読命とは暦の神でもあり、理屈は通じる。
